Canelle Poirier est en post-doctorat (premier emploi après un doctorat) au Boston Children’s Hospital et Harvard Medical School, où elle travaille avec une équipe de chercheurs dirigée par Mauricio Santillana, sur la prédiction de l’épidémie de Coronavirus. Une course intense, qui laisse peu de place à la récup’… Mais pour reprendre son souffle, rien de tel qu’une bonne séance de course à pied, de natation ou de vélo ! Elle nous raconte son parcours entre la Normandie, la Bretagne et les Etats-Unis.

Quel a été ton parcours académique ?

Au lycée, j’étais douée en maths et ma professeur m’avait conseillé de poursuivre avec une licence de Mathématiques appliquées aux sciences sociales, à Rennes. L’avantage de cette licence c’est qu’elle était assez généraliste et ne me fermait pas les portes pour devenir professeur des écoles, ce que je souhaitais faire. J’ai choisi d’enchaîner avec un master statistiques appliquées à l’entreprise. Plutôt attirée par le domaine de la santé à ce moment là, j’ai réalisé mon stage de Master 1 à Rennes, dans un laboratoire de recherche de l’hôpital de Pontchaillou. Là-bas, ils ont un entrepôt de données de santé ; je faisais des recherches sur l’épidémie de grippe en France. Ça m’a beaucoup plu, et j’ai décidé de m’orienter vers un double cursus en M2 : statistiques appliquées à l’entreprise et traitement de l’information biomédicale et hospitalière, ce qui m’a permis de mélanger statistiques et données de santé. Pour valider cette année, j’ai réalisé mon stage dans le même laboratoire à Pontchaillou. J’appliquais des méthodes statistiques pour essayer de prédire la grippe en France. À l’issue de ce stage, on m’a proposé un doctorat, pour poursuivre ce même travail.

« Tout est venu au bon moment, j’ai accepté les opportunités quand elles se présentaient, elles m’ont permis d’évoluer. »

Pendant ton doctorat, tu es partie à Boston ?

Oui. Pour mes recherches sur la grippe en France, je m’appuyais sur une équipe de chercheurs basée à Boston, à l’université de Harvard. Ayant un sujet de recherche similaire aux leurs, je les ai contacté pour échanger sur les méthodes statistiques qu’ils utilisaient. Ils m’ont alors proposé de venir travailler avec eux. Grâce à la bourse Fulbright*, en juillet 2018, je suis donc partie sept mois à Boston et j’ai intégré le laboratoire de recherche du Professeur John Brownstein. Je regardais si les méthodes statistiques utilisées aux Etats-Unis pouvaient s’appliquer à l’échelle française. Je suis ensuite rentrée à Rennes pour soutenir ma thèse en juin 2019. Un mois après, je suis retournée à Boston pour mon post doctorat. J’ai intégré l’équipe de recherche du Professeur Mauricio Santillana, dans le laboratoire Computational Health Informatics Program de  Boston Children’s Hospital et Harvard Medical School.

Quelles sont tes missions ?

Je suis chercheuse statisticienne, mais je reste associée à mon superviseur Mauricio Santillana, qui est professeur à l’université de Harvard. Pour le moment, je suis encadrée et je n’ai pas mon propre sujet de recherche. Quand je suis arrivée, j’avais plusieurs projets : l’épidémie de dengue au Brésil et en Colombie, la rougeole à Madagascar, la grippe aux Etats-Unis, et Ebola en République Démocratique du Congo. Je devais appliquer des méthodes statistiques pour essayer de prédire en temps réel ou à plus long terme l’évolution des différentes maladies.

« En course à pied, je me fixe toujours des objectifs à atteindre, j’ai calqué ce modèle là au niveau pro. Ça m’a forgé un vrai mental. »

… Jusqu’en Janvier, où l’équipe a dû se concentrer sur l’épidémie de coronavirus ?

Oui. Le coronavirus est devenu l’élément central pour un grand nombre de chercheurs dans le monde. Aujourd’hui, on travaille sur la prédiction du COVID-19 dans les différentes provinces de Chine et dans tous les états des Etats-Unis. On étudie également le taux de transmission du virus par rapport à la température, ainsi que l’impact de la mobilité et des interventions publiques mises en place. Par exemple : l’impact de la fermeture des frontières sur la propagation.

L’objectif en travaillant sur la prédiction des épidémies, c’est d’aider les politiques de santé publique, d’aider les gouvernements à mettre en place des mesures sanitaires au bon moment : faire des publicités sur les gestes barrières, commander des vaccins… Mais aussi dans les hôpitaux pour éviter l’encombrement, ouvrir des services, réserver des lits… 

Tu utilises le machine learning. Peux-tu nous dire ce que c’est ?

On parle beaucoup en ce moment du Big Data :  avec le numérique, le volume des données a explosé ! Pour  les données de santé, on peut par exemple les récupérer avec les comptes rendus électroniques chez le médecin ou à l’hôpital (avec accord du patient). Mais il y a aussi pleins d’autres sources de données comme les données sur les réseaux sociaux ou encore les recherches effecutées sur Google en lien avec la santé des internautes. Il faut trouver le moyen pour les comprendre, pour les utiliser et en tirer de l’information.

Pour exploiter et utiliser ces données massives, il y a de nouvelles méthodes statistiques développées : l’intelligence artificielle et le machine learning. Concrètement, ça fonctionne avec des algorithmes : des modèles statistiques créés dans un ordinateur. Moi, je crée des fonctions sur un logiciel pour mettre en place le modèle statistique, une fois l’algorithme créé, j’injecte des données et des paramètres, et c’est l’ordinateur qui va faire les calculs. Il va par exemple sélectionner les variables ou les données qui paraissent les plus importantes et va estimer des coefficients, qui nous permettrons de faire une prédiction en temps réel ou dans les semaines à suivre, pour le COVID-19 par exemple.

Semi marathon à Lowell, au nord de Boston en octobre 2019
On ne peut pas parler de ton parcours sans évoquer le sport. Quelle place prend-il dans ton quotidien ?

C’est une ressource essentielle, dans le sens où le travail n’est pas tous les jours simple, ça me permet de gérer la pression et de prendre du temps pour moi. Toutes les semaines, je fais des séances de course à pied, de natation, de vélo et en moyenne deux heures de marche par jour. Le fait de partir à l’étranger n’a rien changé à cette routine sportive. C’est mon équilibre. Je pense que la course à pied m’a aidé à forger mon caractère et à prendre confiance en moi. Ça m’a aussi aidé à avoir moins peur de franchir des étapes, comme partir à l’étranger. En course à pied, je me fixe toujours des objectifs à atteindre, j’ai calqué ce modèle là au niveau pro. Ça m’a forgé un vrai mental. En plus, le sport permet de s’ouvrir aux autres, de découvrir de nouvelles personnes. Quand tu arrives dans un nouvel environnement, ça peut faciliter les échanges.

Quel regard portes-tu sur ton parcours ?

Je viens du lycée de Mortain, une petite ville du Sud-manche. On a peut-être moins d’ouverture sur tous les métiers qui peuvent exister. Mais au fur et à mesure, on s’ouvre et en discutant, on découvre des choses et on évolue. Par exemple, je ne me sentais pas forcément capable de quitter la Normandie ou la Bretagne, c’est mon directeur de labo dans lequel je faisais mon doctorat qui m’a conseillé de tenter l’expérience à Boston. Le fait de partir à l’étranger m’a énormément appris. La culture est différente, tu n’as pas le choix de te débrouiller, il faut faire des rencontres, tu ne parles pas forcément bien la langue et il faut se trouver un appartement, se créer un réseau là-bas… Tu sors de ta zone de confort, ça fait énormément grandir.

Je pense que mon parcours peut donner des idées aux étudiants en maths ou stats, qui ne savent pas forcément ce qu’ils peuvent faire après. Moi par exemple, jamais je n’aurais imaginé faire ça quand j’étais au lycée, ou en licence.

*Bourse Fulbright : Fulbright est un organisme qui existe depuis plus de 70 ans. Les Etats-Unis versent des allocations à plusieurs pays européens pour faire venir des chercheurs chez eux. Il y a plusieurs catégories de bourses. Entre autres, chaque année, ils attribuent 15 bourses pour les doctorants et post-doctorants de tous les domaines et 15 pour les étudiants qui souhaitent faire leur master aux Etats-Unis. Cette bourse est assez peu connue en France, mais elle est très reconnue aux États-Unis. Elle permet aussi d’obtenir un visa. L’autre avantage est que c’est un gros réseau d’anciens et de nouveaux lauréats, de temps en temps ils organisent des séjours de rencontre entre tous. C’est une vraie communauté.